根据第二次全国湿地资源调查，我国沿海11省（直辖市、自治区）纳入滨海湿地保护的面积为139.04万公顷，已建立保护地126个，其中国家级自然保护区40个，省级自然保护区52个，其他类型的保护地34个。各类自然保护区中湿地面积为104.24万公顷，湿地公园湿地面积3.03万公顷，保护小区湿地面积4.84万公顷, 其他保护形式湿地面积26.94万公顷，滨海湿地受到法律保护的比例为24%，明显低于我国湿地的平均保护率43.51%。由此可见，我国滨海湿地保护存在着明显的保护空缺。
我国滨海湿地保护现状与空缺分布图
水鸟是湿地生态系统的指示生物类群，其数量和分布可直接反映湿地生态环境的质量。我国部分滨海湿地具有很高的保护价值，已达到国际重要湿地的标准、或东亚-澳大利西亚候鸟迁徙路线网络保护区标准，但却没有纳入保护体系。如河北滦南湿地、江苏赣榆滩涂湿地、江苏如东滩涂等，均尚未纳入保护体系。
本研究表明：在已达到国际重要湿地的标准、或东亚-澳大利西亚候鸟迁徙路线网络保护区标准的140个调查点中，尚有69个调查点（占49.3%）处于保护空缺。除一些国家级自然保护区和一些省级自然保护区以外，当前我国在滨海湿地已建立的其他类型保护地（包括市县级自然保护区、保护小区、湿地公园、城市湿地公园、海洋公园等）缺乏对水鸟及其栖息地保护的有效措施，保护效果不佳。 亟待保护的11处滨海水鸟栖息地 除水鸟保护空缺外，其他物种、典型生态系统保护的空缺也很大： 在黄渤海区域无脊椎动物和鱼类的22个生态重要区中，只有6个区域建立了国家级自然保护区，其余16个皆未受到任何形式的保护；全国约40%的红树林受到了保护，但在浙江南部温州湾、飞云江口、鳌江口、海南岛北部海岸和广西北部湾沿海等重要的红树林分布的关键区域没有得到保护；海草床的保护同样不容乐观。调查的35个海草床分布区中，占59%的分布区未受到有效保护；在地域上，天津、浙江、江苏、山东等省市生态重要性非常高，经济发达，但滨海湿地保护率却相对较低，面临着巨大的围填海压力，保护工作任重道远。
我国海草床分布及其保护状况
本研究在整合多源观测数据的基础上，根据保护优先区和空缺分析的结果，确定了107个尚未纳入保护体系的重要滨海湿地，建议列入生态红线保护名录，其中包括水鸟栖息地、沿海软体动物栖息地、红树林、海草床等代表性生态系统。连同已有的国家级自然保护区34个，省级自然保护区39个，共180个病害湿地一并列入我国首批滨海湿地生态红线保护范围。
针对我国滨海湿地保护存在着明显保护空缺的问题，《中国滨海湿地保护管理战略研究》提出如下建议：
新建滨海湿地类型保护区或扩大保护区范围，填补保护空缺，建立和完善滨海湿地保护体系。实行滨海湿地分级管理制度。按照重要程度把滨海湿地分为国家重要湿地（含国际重要湿地）、地方重要湿地和一般湿地。国家重要湿地可以包括现有《国家主体功能区规划》确定的国家重点生态功能区、国家级自然保护区、国家级海洋特别保护区、国家湿地公园等国家正式公布的以“国”字头命名的所有保护管理方式中的湿地，地方重要湿地由省级人民政府确定，其他为一般湿地。对具有国际和国家重要意义的生物多样性保护价值高的滨海湿地（特别是重要候鸟栖息地、鱼类产卵场、索饵场和具有缓解和适应气候变化影响的湿地），严禁围垦或出让。针对滨海湿地保护所存在的空缺和空间不匹配的问题，建议在这些保护空缺区域尽快建立湿地自然保护区等，填补保护空白，增加沿海湿地保护面积，将滨海湿地保护率从目前的24%提高到全国湿地保护的平均水平（43.5%）。
